Nicolai-Kaserne (1809 bis 1938) und Schmerold'sche Brauerei
Der neue Besitzer des Klosters, der Staat Bayern, findet eine andere Aufgabe für die leerstehenden Räumlichkeiten; sie werden zur "Nicolai-Kaserne" umfunktioniert. Zunächst stehen die Tore des Gebäudes auch für verwundete Soldaten als Militärlazarett offen. Von Februar 1809 bis Juni 1810 findet hier für kurze Zeit sowohl das bayerische, als auch das französische Militär Unterkunft. In einem Drittel des Klosters sind vorübergehend 1.000 Soldaten untergebracht. Im Jahr 1823 werden zum Beispiel 1.004 bayerische Soldaten und 27 Pferde in der neuen Kaserne stationiert. Ab dem Jahr 1878 wird das alte Kloster zur Hauskaserne des "16. Königlich Bayerischen Infanterie-Regiments Großherzog von Toskana".
In die Zeit der gemeinsamen Nutzung des alten Klosters als Brauerei und Kaserne fallen massive bauliche Änderungen am Gebäude: 1851/1852 wird die ehemalige Sakristei zum Schlafsaal umgebaut, 1856 werden ein Abtrittturm an der Mitte des Ostflügels und 1882/1883 Arrest-Lokale sowie eine Badeanstalt mit Handpumpe und Blechofen und 14 Brausen neben der heutigen Klosterpforte errichtet. So können die Soldaten immerhin alle 14 Tage sechs Minuten duschen.
Nachdem spätestens ab 1884 die Situation zwischen Brauerei und Kaserne auf Dauer nicht tragbar wurde, werden 1888 die Räumlichkeiten der Brauerei an den Staat Bayern verkauft und das gesamte Gebäude steht nun als damals einzige Kaserne in Passau zur Verfügung.
1890 bis 1892 kommt es zur Aufstockung des Südflügels, des äußeren Westflügels, des westlichen Nordflügels und des südlichen Mittelwestflügels sowie die Verlegung der Badeanstalt in das Erdgeschoss des inneren Westflügels. Zusätzlich werden die Schlafsäle der Soldaten mit Flick- und Schreibstuben aufgelockert. Zeitgleich wird eine "Dampfküche" mit Mannschaftsspeisesälen im heutigen Cafeteriabereich und Dekanatsflur neu eingebaut. Im Jahr 1895 werden schließlich eine Unteroffiziersspeiseanstalt im Sommerrefektorium und Wohnungen für verheiratete Unteroffiziere im Erdgeschoss und Obergeschoss des westlichen Südflügels eingerichtet.
Im Zeitraum von 1810 bis 1888 nutzen die Brauer Ignaz und Max Schmerold Teile des Klosters als Brauerei: Beide Westflügel, der Südflügel bis zur Toreinfahrt, der tiefe Keller und das Zwischengeschoss im Nordflügel gehören nun zur Brauerei. Als eigentliches Brauhaus dient das ehemalige Klosterbrauhaus im Westen der Anlage. Bereits 1810 wurde die Kirche des ehemaligen St. Maria-Armenspitals vor dem Klosterwestflügel durch Einbau einer Zwischendecke zu Lager- und Wirtschaftsräumen der Brauerei und schließlich 1877 zum Braueiwirtshaus umgebaut.
In die Zeit der gemeinsamen Nutzung des alten Klosters als Brauerei und Kaserne fallen massive bauliche Änderungen am Gebäude. Erste Streitigkeiten entstehen 1835 über die Schließzeiten der Toreinfahrten zwischen Brauerei und Kasernenverwaltung und 1845 ist der zusätzliche Schenkeneingang ein weiteres Streitobjekt zwischen Brauerei und Kasernenverwaltung. Auch in der nächsten Brauergeneration unter Max Schmerold gibt es 1860 Streitigkeiten über die Anlage eines Urinals für die Schenke.
Um die permanenten Streitigkeiten zwischen Kasernenleitung und Brauerei zu entspannen, wird 1869 der gedeckte Aufgang am Südflügel für die Schmerold‘schen Wohnungen errichtet. Damit müssen die Brauereimitarbeiterinnen und -mitarbeiter nicht mehr über Kasernenareal gehen, um in ihre Wohnungen zu gelangen. Im 2. Stock des Südflügels wird im Gang eigens zur Abtrennung ein Eisengitter als Sperre zwischen Kaserne und Brauerei eingezogen.
In den Jahren 1886 und nochmals 1906 werden die Räume des Offizierskasinos im 4. Stock des Südflügels renoviert. In der zweiten Phase werden die Wände des Kasinos auf Kosten der Offiziere neu vertäfelt.
Mit der Säkularisation wird die ehemalige Klosterkirche umfunktioniert. Mehr als 150 Jahre wird die Kirche als Magazin und Lagerhalle (Korn- und Haferspeicher, Heu- und Strohmagazin bzw. Möbellager) und in der Zwischenzeit als Bekleidungskammer für Soldaten und sogar als Kohlelager herabgewürdigt. Erst ab 1957 wird sie als Gotteshaus wiederhergestellt und seit 1960 dient die Kirche St. Nikola wieder als Pfarrkirche, nachdem die Stadtpfarrei St. Nikola im Jahr 1959 neu errichtet wurde.
Mit der Eröffnung der Universität 1978 wird die ehemalige Klosterkirche auch zur Universitätskirche. Nach der aktuellen Gesamtrenovierung soll die Kirche im Jahr 2016 wieder für die Öffentlichkeit und natürlich für Gottesdienste zur Verfügung stehen.
1878 zieht das neu gebildete "16. Königlich Bayerische Infanterie-Regiment Großherzog von Toskana" in die Kaserne ein. Von der Nikolai-Kaserne aus ziehen die Soldaten des 16-er Regiments im August 1914 in den Ersten Weltkrieg. Von den mehr als 3.300 in Passau stationierten Soldaten und Offizieren kehren vier Jahre später nur knapp 600 zurück, das bedeutet, dass weniger als ein Fünftel mehr oder weniger heil zurückkehrt.
Wer heute den Innenhof des Klosters überquert, wird durch das Ehrenmal, das im November 1929 errichtet wird, an diese traurige Rückkehr erinnert.
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