Kirche als Magazingebäude (1803 bis 1957)

Mit der Säkularisation wird die ehemalige Klosterkirche umfunktioniert. Mehr als 150 Jahre wird die Kirche als Magazin und Lagerhalle (Korn- und Haferspeicher, Heu- und Strohmagazin bzw. Möbellager) und in der Zwischenzeit als Bekleidungskammer für Soldaten und sogar als Kohlelager herabgewürdigt. Erst ab 1957 wird sie als Gotteshaus wiederhergestellt und seit 1960 dient die Kirche St. Nikola wieder als Pfarrkirche, nachdem die Stadtpfarrei St. Nikola im Jahr 1959 neu errichtet wurde.

Mit der Eröffnung der Universität 1978 wird die ehemalige Klosterkirche auch zur Universitätskirche. Nach der aktuellen Gesamtrenovierung soll die Kirche im Jahr 2016 wieder für die Öffentlichkeit und natürlich für Gottesdienste zur Verfügung stehen.