Das Institut geht auf eine Initiative des Wirtschaftsinformatikers Franz Lehner zurück, der Ende 2008 einige neue Kollegen, die ebenfalls zu Medienthemen arbeiten, einlud, sich gegenseitig auszutauschen. Seitdem wurden über diverse Vortragsreihen Schnittstellen und Gemeinsamkeiten ausgelotet, um gemeinsame Projekte in Forschung und Lehre zu entwickeln.

Entstanden sind daraus bislang einige bilaterale Kooperationen, etwa im Graduiertenkolleg der Universität Passau zum Thema "Privatheit. Formen, Funktionen, Transformationen". Bis 2016 forschen dort Promovierende aus verschiedenen Disziplinen gemeinsam an einer integrativen Theorie der Privatheit.

2010 veranstaltete Prof. Müller-Terpitz zusammen mit dem Kommunikationswissenschaftler Ralf Hohlfeld ein Symposium zum Thema "Medienkonzentrationskontrolle - Quo vadis?", zu dem 2011 ein gleichnamiger Tagungsband erschien.

Auch ein vom Europäischen Sozialfond bzw. der Virtuellen Hochschule Bayern (VHB) gefordertes Projekt "Info_Net" zum Wissens- und Technologietransfer der Universität Passau zu den mittelständischen Unternehmen der Region, geht auf eine Initiative der AG Medien zurück, die im April 2011 in die Institutsstruktur des IFIM überführt wurde.